Ο Χρήστος Καραγιάννης είναι Αντιπρύτανης Έρευνας Καινοτομίας και Δια Βίου Μάθηση, του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και Αν. Καθηγητής του Τμήματος Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του ΕΚΠΑ.

Έχει πραγματοποιήσει έρευνα σχετική με το γνωστικό του αντικείμενο στο Ισραήλ, (Καισάρεια Φιλίππου 1995-1997 και Μάγδαλα 2013), ενώ έχει συμμετάσχει σε ερευνητικά έργα σχετικά με τη δημιουργία χριστιανικού πολιτιστικού αποθέματος.
Συγκεκριμένα, μεταξύ των ετών 1997-2008 συμμετείχε ως βασικός επιστημονικός συνεργάτης στην ομάδα που κατέγραψε, μελέτησε και αποτύπωσε τα μνημεία του Πατριαρχείου Ιερσολύμων και τους «θησαυρούς» του Σκευοφυλακίου του Παναγίου Τάφου. Αποτέλεσμα της ερευνητικής αυτής προσπάθειας ήταν η έκδοση δύο τόμων το 2006 και το 2008: «Ιερά Κειμήλια του Παναγίου Τάφου - Τόμος Α - Χρυσοκέντητα» και «Ιερά Κειμήλια του Παναγίου Τάφου - Τόμος Β - Αρχιερατικά».
Το 2009 συμμετείχε στο ερευνητικό Πρόγραμμα του Πανεπιστημίου Αθηνών Καποδίστριας «Καισάρεια Φιλίππου – Πόλεις από τον κόσμο της Βίβλου (70/4/3100)».

Από το 2010 μέχρι το 2021 διετέλεσε επιστημονικός υπεύθυνος του Προγράμματος «Πρακτική Άσκηση Φοιτητών του Τμήματος Θεολογίας ΕΚΠΑ».

To 2015 στo πλαίσιο της ερευνητικής δράσης του ΕΚΠΑ με τίτλο «Προγράμματα Διά Βίου Εκπαίδευσης για την προβολή και προώθηση του εθνικού πολιτιστικού προϊόντος» ανέλαβε τη Διεύθυνση Σπουδών θερινών σχολείων.

Από το 2019 διδάσκει στο e-learning του ΚΕΔΙΒΙΜ (ΕΚΠΑ).
Το 2020 ερεύνησε και αποτύπωσε σε μελέτη το πολιτιστικό απόθεμα των πέντε ιερών Μονών που χωροθετούνται εντός των ορίων του Δήμου Στυλίδας.

Με απόφαση της Συγκλήτου του ΕΚΠΑ ορίστηκε και υπηρετεί ως μέλος του Δ. Σ. της “Εταιρείας Αξιοποίησης και Διαχειρίσεως της περιουσίας του Πανεπιστημίου Αθηνών”.

Τον Ιούλιο 2020 εξελέγη Κοσμήτορας της Θεολογικής Σχολής του ΕΚΠΑ και εργάστηκε για την την ποιοτική αναβάθμιση των υποδομών της, την ενίσχυση της έρευνας, την διεπιστημονική και κοινωνική προβολή του έργου της Σχολής.

Τον Σεπτέμβριο του 2020 επιλέχθηκε ως διδακτικό προσωπικό (ΣΕΠ) του ΜΠΣ Ορθόδοξη Χριστιανική Θεολογία και Θρησκευτικός Πλουραλισμός (ΟΡΘ) του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου (ΕΑΠ) και διορίστηκε Διευθυντής του εν λόγω Μεταπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών.

To 2022 ανέλαβε επιστημονικός υπεύθυνος του έργου «Ψηφιακή ξενάγηση σε μνημεία του θρησκευτικού πολιτιστικού αποθέματος του ιστορικού κέντρου της πόλης των Αθηνών» για την καταγραφή και προβολή του θρησκευτικού πολιτιστικού αποθέματος της πόλης των Αθηνών.

Το ίδιο έτος συμπεριλήφθηκε στην επιστημονική επιτροπή του έργου «Ψηφιοποίηση ιερών κειμηλίων ενοριακών ναών της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών» με αντικείμενο την επίβλεψη και εκτέλεση των εργασιών ψηφιοποίησης και τεκμηρίωσης κειμηλίων που έχουν επί σειρά ετών αποθησαυριστεί σε ενοριακούς ναούς της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών.
Είναι επιστημονικός υπεύθυνος του έργου «Ψηφιοποίηση της Βιβλιοθήκης της Θεολογικής Σχολής του ΕΚΠΑ».