Η Αγαθή Παφίλη ζει και εργάζεται στις Βρυξέλλες. Είναι Αντιπρόεδρος στην εταιρεία Capital Group, όπου εργάζεται από το 2020 ως επικεφαλής Ευρώπης για κυβερνητικές και ρυθμιστικές υποθέσεις. Από την θέση αυτή εκπροσωπεί την Capital Group στις επαφές με το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, το Συμβούλιο και την Ευρωπαϊκή Επιτροπή καθώς και με τις εθνικές ρυθμιστικές αρχές.

Διαθέτει 20 χρόνια εμπειρίας στον ιδιωτικό και δημόσιο τομέα. Πριν την Capital Group εργάστηκε ως σύμβουλος κυβερνητικών και νομικών υποθέσεων στον Ευρωπαϊκό Σύνδεσμο Διαχειριστών Επενδυτικών Κεφαλαίων (EFAMA) με ειδίκευση στην ευρωπαϊκή νομοθεσία για τις χρηματαγορές. Από το 2018 μέχρι το 2020 υπήρξε μέλος της ομάδας εμπειρογνωμίνων της Ευρωπαϊκής Κεντρικής Τράπεζας για την θέσπιση επιτοκίων άνευ κινδύνου και μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του European Money Market Institute. Κατά την περίοδο 2004 έως το 2012 εργάστηκε στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο ως επιστημική σύμβουλος ευρωβουλευτών με ειδίκευση σε θέματα οικονομικής και χρηματοπιστωτικής πολιτικής.

Είναι κάτοχος μεταπτυχιακού τίτλου στο ευρωπαϊκό και διεθνές δίκαιο από την Νομική Σχολή Αθηνών από όπου έλαβε και τον πτυχίο της. Από το 2004 είναι μέλος του Δικηγορικού Συλλόγου Αθηνών.